El Fondo Nacional de Calamidades fue creado a través del Decreto 1547 de 1984 como una cuenta especial de la Nación, con independencia patrimonial, administrativa, contable y estadística, con fines de interés público y asistencia social y dedicado a la atención de las necesidades que se originen en situaciones de desastre o de calamidad o de naturaleza similar. Con posterioridad, el decreto 2378 de 1997 estableció la constitución del presupuesto del Fondo Nacional de Calamidades.

La más reciente modificación al Fondo, se produjo a través del Decreto 4702 del 21 de diciembre de 2010 el cual  introdujo ajustes a las funciones y conformación de la Junta Directiva del Fondo Nacional de Calamidades para facilitar el manejo de los recursos. De esta manera, el Fondo contará   con una Junta Directiva y no  con una  Junta Consultora.  La modificación definió además su conformación y determinó que la Secretaría Técnica de la misma estará en cabeza de la Dirección de Gestión del Riesgo del Ministerio del Interior y de Justicia.

El artículo 2 del mismo decreto adicionó un parágrafo transitorio al artículo 70 del decreto 919 de 1989, al crear la Gerencia del Fondo Nacional de Calamidades encargada de conjurar la crisis generada por los efectos del fenómeno La Niña 2010-2011 en las fases de Atención Humanitaria y Rehabilitación.